在不同的法律关系下，货运代理企业的权利义务也有所不同。从本质上看，货运代理合同与货物运输合同是一种附属关系，前者依附于后者。为了保障合同中权利的行使与义务的履行，以便责任认定，就必须要厘清货运代理企业的法律身份，区分其是货主的代理人或是航空运输公司的代理人还是缔约承运人，与货主、航空运输公司的法律关系是航空货物运输合同关系还是货物代理合同关系。

《华沙公约》第十一条指出，如果没有相反的证据，航空货运单可以作为订立合同、接受货物和承运条件的证明。我国《民用航空法》第一百一十八条也同样认定，航空货运单具有作为航空货物运输合同订立、运输条件确认、承运人接受货物的初步证据的效力。在航空货运单上，通常会载明承运人与托运人的姓名，也即航空货物运输合同的双方。据此，要确定货运代理企业所属的法律关系，关键在于确认货运代理企业以谁的名义签发了航空货运单。如果是以自己的名义签发了航空货运单，那么便可以认定货运代理企业与承运人建立了航空运输合同关系。反之，如果以托运人的名义签发了航空货运单，则可认定货运代理企业仅作为受托方托运货物，与承运人建立的只是货运代理合同关系。

在(2014)穗中法民四终字第87号中铁物资集团华南有限公司与万达杰诚国际物流（北京）有限公司货运代理合同纠纷上诉案中，2011年1月10日，万达杰诚公司与中铁物资公司签订了《沙特钢轨伸缩器空运合同》，并约定：甲方指定乙方为其运输代理商，乙方保证以合理价格和优质服务承运货物的出口运输。2011年1月12日，万达杰诚公司将货物交付给新加坡货运航空公司承运，新加坡货运航空公司签发《空运单》，发货人显示为中铁物资公司。同年2月，中铁物资公司收到该批货物后，主张《沙特钢轨伸缩器空运合同》是运输合同关系，并以万达杰诚公司迟延交货为由拒绝付款。广东中级人民法院审理认为，本案中，新加坡货运航空公司签发的涉案《空运单》载明发货人为中铁物资公司，运输代理商系万达杰诚公司。可以认定，中铁物资公司与新加坡货运航空公司签订的是航空货物运输合同，而中铁物资公司与万达杰诚公司构成的是货运代理合同的双方当事人。

通过对案例的分析，可以看出，要厘清货运代理企业货代公司与托运人、航空公司之间的法律关系，首要在于确定货运代理企业是以自己名义还是以他人的名义签发的航空货运单。如果是，双方则为航空运输合同关系，若不是，则为货运代理合同关系。